Strafrechtelijke handhaving
Naast bestuursrechtelijke en privaatrechtelijke handhaving is ook strafrechtelijke handhaving mogelijk. Strafrechtelijke sancties worden opgelegd door de strafrechter of door autoriteiten die krachtens de wet met strafvordering zijn belast.
De strafbaarstelling van handelingen die in strijd zijn met voorschriften van de Waterwet, is geregeld in artikel 1a van de Wet op de economische delicten (WED). Hierin is overtreding van de verbodsbepalingen van hoofdstuk 6, waaronder artikel 6.2 Waterwet (het brengen van stoffen in een oppervlaktewaterlichaam) en artikel 6.4 Waterwet (grondwater ontrekken of water infiltreren) strafbaar gesteld.
De minister van Veiligheid en Justitie kan aan werknemers van organisaties die belast zijn met de uitvoering en handhaving van met name bijzondere wetgeving en verordeningen (provincies, gemeenten, waterschappen) de opsporingsbevoegdheid toekennen. Veel provincies, gemeenten en waterschappen hebben dergelijke ‘buitengewoon opsporingsambtenaren’ (BOA’s) in dienst. BOA's kunnen bij het constateren van een overtreding een proces-verbaal opmaken. Dit proces-verbaal wordt naar het Openbaar Ministerie gestuurd voor verdere afhandeling.
Bestuurlijke strafbeschikking
Daarnaast heeft het bestuur de mogelijkheid een bestuurlijke strafbeschikking (geldboete) uit te vaardigen voor strafbare feiten die zijn opgenomen in de bijlage bij het Besluit OM-afdoening voor de handhaving van het milieurecht (artikel 257ba van het Wetboek van Strafvordering). De bestuurlijke strafbeschikking is een daad van strafvervolging op initiatief van het bestuursorgaan. De BOA schrijft een verkort proces-verbaal (combibon) uit, waarna via het Centraal Justitieel Incassobureau rechtstreeks een acceptgiro naar de overtreder wordt gestuurd.